齿轮副离开检测台、装入箱体之后，实际侧隙很少与图纸预测完全一致。加工累积误差、轴承游隙、箱体孔公差和温度梯度都会把真实齿侧间隙推离设计目标。装配现场最后一步的齿轮侧隙调整，才是把一组尺寸合格的零件变成安静、耐久啮合的关键。调错了，齿轮副要么在升温后咬死，要么在换向时冲击打齿，要么因为侧隙过大而无法维持润滑油膜。图纸上的侧隙是一个区间而不是一个固定数值，装配就是把这对齿轮落到这个区间里，安装工是不再拆箱就能微调的最后一道关口。
现场最常用的方法是轴承外圈与箱体台阶之间、或电机法兰与减速箱接盘之间的垫片组。加垫片把小齿轮往大齿轮里推得更深，侧隙减小；减垫片则把啮合松开。垫片法最适合平行轴直齿和斜齿齿轮副（一根轴固定、另一根可相对轴承移动），也适合蜗杆沿轴向移动调整位置的蜗轮蜗杆副。先按厂家基准垫片组干装，测量之后一次只加或减 0.05、0.10 毫米的薄片。每次复测前都要把箱体螺栓重新按扭矩拧紧，因为压装本身也会轻微改变中心距。垫片便宜、可重复、不在运动表面留下磨损痕迹，这也是它至今仍是减速机、输送机和电梯齿轮箱默认方法的原因。
当箱体是刚性铸件、没有轴向窜动空间而垫片不适用时，设计师会采用偏心套或可调轴承座。偏心套夹在轴承外圈与箱体孔之间，把套筒转几度，轴中心就沿一段小圆弧移动，把啮合打开或闭合零点零几毫米。锁紧螺母或紧定螺钉把套筒固定在选定角度。这种方法在小型齿轮电机、机床主轴箱和部分拖拉机传动中间轴上是标准做法。它在紧凑机组上比垫片调节更精细，但对安装很敏感：套筒必须完全落座，锁紧要朝正确方向，否则运行头几小时振动就会把位置带走。一个实用技巧是在调整前在法兰和箱体上划一条对齐线，这样万一调反了还能恢复出厂位置。
要记住，改变中心距不只影响侧隙。中心距缩小，齿就跑在齿廓内侧，齿根圆角承压更大，齿顶间隙变小；中心距放大，接触区外移，齿变薄，侧隙增长得比多数工程师预期的还快。直齿传动中，中心距每变 0.01 毫米，侧隙通常变化约 0.02 到 0.03 毫米，因为两侧齿面的侧隙都随压力角放大。另一个限制是齿顶间隙：一旦小于约 0.25 倍模数，就要担心负载下齿顶与配对齿轮齿根圆角发生干涉。所以调节的思路不是把侧隙减到零，而是把啮合向内推到侧隙达到下规格线，再用涂色剂检查接触斑点。
台架上有三种测量方式，看可达性。百分表架在固定齿轮的节圆上，配对齿轮保持不动，读出最干净的切向侧隙。配对齿轮已装在箱体内时，可以通过观察孔把塞尺塞进齿面之间。压铅丝法对大型低速齿轮最快：把软铅丝夹在啮合齿之间，非接触侧被压扁的厚度就是侧隙。沿圆周至少测四个位置，单次读数会掩盖径向跳动。记录平均值和离散度；如果离散度超过平均值的百分之三十，先怀疑偏心或轴弯曲，再去动垫片。带峰值保持的数显百分表让测量更快，安装工不用一边手动晃齿轮一边盯着指针。
侧隙进入规格后，不要直接把齿轮箱交给生产。先空载跑一小时，再四分之一负载跑一小时，听有无异响，观察油温。用手摸箱体，应该逐渐变温但不烫手。跑合后复测侧隙，因为轴承落座、齿面跑合和轻微热收缩都可能把数值移动百分之几毫米。验收要同时看三件事：侧隙在约定区间内，接触斑点在工作齿面至少覆盖齿高的百分之六十和齿宽的百分之六十，额定负载下油温稳定在厂家限值内。侧隙合格但高速下啸叫的齿轮箱，不算完成。
调节是有极限的。即使垫片组加到最厚、偏心套转到极限位置，侧隙仍高于上规格线，问题就不在装配现场了。这指向某个零件齿厚偏小、箱体孔偏大、铸件变形，或者中心距被加工超出图纸公差。这时候靠过紧轴承或在错误法兰下垫片强行闭合啮合，只会让首次运行把齿面焊死。正确的做法是停下来，拍好接触斑点和测量数据，连同原始图纸寄回齿轮厂家。换一根齿厚正确的小齿轮，或者按箱体实际偏心量加工衬套，都比让齿轮箱走保修卡车拉回来便宜。